中华人民共和国海关总署是国务院直属机构，为正部级。担任全国海关作业、安排推动口岸“大通关”建设、海关监管作业、进出口关税及其他税费征收处理、出入境卫生检疫和出入境动植物及其产品查验检疫、进出口商品法定查验、海关危险处理、国家进出口货物交易等海关计算、全国冲击走私综合治理作业、制定并安排实施海关科技发展规划以及实验室建设和技能保证规划、海关范畴国际协作与交流、垂直处理全国海关、完成党中央国务院交办的其他使命。
海关总署现有18个内设部分、8个在京直属企事业单位，处理4个社会团体（海关学会、报关协会、口岸协会、保税区出口加工区协会），并在欧盟、俄罗斯、美国、香港等派驻海关机构。中央纪委在海关总署派驻纪检组。海关总署机关行政编制847名(含两委人员编制2名、援派机动编制6名、离退休干部作业人员编制37名)。设署长1名，副署长4名,政治部主任(副部长级)1名,司局级领导职数100名(含总工程师2名、总查验师1名、机关党委专职副书记3名、离退休干部局领导职数4名)。
18个内设部分：办公厅、国家口岸处理办公室、变革办、政策法规司、研究室、关税征管司、监管司、加工交易及保税监管司、综合计算司、稽察司、缉私局、科技发展司、国际协作司、财政司、关务保证司、人事教育司、督察内审司、驻署纪检组。
8个在京直属企事业单位：海关总署机关服务中心、全国海关教育训练中心、全国海关信息中心（全国海关电子通关中心）、中国海关出版社、中国电子口岸数据中心、海关总署研究中心、中国海关博物馆。
现在，海关总署共有47个直属海关单位（广东分署，天津特派办，上海特派办，42个直属海关，2所海关院校），742个从属海关和办事处（含现场事务处）。现有关员（含海关缉私差人）近6万人。实施关衔准则。
海关总署设有3个派出机构：
1）驻天津特派员办事处——成立时担任监督7个直属海关和1个校园（秦皇岛训练校园），后连续增加到14个直属海关，规模包含华北区域、东北区域、河南区域和西北部分区域；
2）驻上海特派员办事处——担任监督9个直属海关和1个校园（上海海关学院），规模包含华东区域；
3）广东分署——担任监督7个直属海关，规模包含广东区域——广东变革开放最早，又是全国首屈一指的外贸大省，其直属海关特别多。其他省顶多两个直属海关（辽宁——大连海关和沈阳海关，山东——青岛海关和济南海关，浙江——宁波海关和杭州海关，福建——厦门海关和福州海关、内蒙古——满洲里海关和呼和浩特海关），而广东多达7个直属海关（广州海关、黄埔海关、深圳海关、拱北海关、汕头海关、江门海关、湛江海关）。
我国的海关分为三个层级，第一个层级是海关总署，就1个；第二个层级是直属海关，共42个；第三个层级是从属海关，现在共636个。
所谓的直属海关，是指由海关总署直接领导、担任处理一定区域规模内的海关事务的海关，全都是正厅（局）级标准，一般以直辖市、副省级城市、地级市为名。
所谓的从属海关，是指由直属海关直接领导、担任处理具体海关事务的海关，也是企业、个人日常触摸的海关。从属海关一般是正处级标准，但有少部分是副厅（局）级标准。
具体的直属海关和从属海关如下：
一、北京海关事务统辖规模为北京市，下设：
1、副厅级从属海关1个，即首都机场海关。
2、正处级从属海关15个，包含“北京大兴国际机场、北京车站、北京邮局、中关村、北京东城、北京西城、丰台、海淀、通州、顺义、亦庄、天竺、北京向阳、平谷、北京会展中心”海关。
二、天津海关事务统辖规模为天津市，下设：
1、副厅级从属海关1个，即天津新港海关。
2、正处级从属海关18个，包含“天津沿海机场、天津大港、天津临港、天津邮局、天津南疆、塘沽、蓟州、武清、静海、北辰、宁河、西青、东丽、南开、天津河西、天津保税区、天津东疆、北塘”海关。
三、石家庄海关事务统辖规模为河北省，下设18个正处级从属海关，包含“石家庄机场、鹿泉、正定、秦皇岛、北戴河、唐山、曹妃甸、京唐港、廊坊、保定、雄安、沧州、黄骅港、衡水、邢台、邯郸、张家口、承德”海关。
四、太原海关事务统辖规模为山西省，下设11个正处级从属海关，包含“太原机场、晋阳、武宿、大同、临汾、运城、晋城、长治、阳泉、朔州、忻州”海关。
五、呼和浩特海关事务统辖规模为内蒙古的呼和浩特市、包头市、乌海市、鄂尔多斯市、乌兰察布市、巴彦淖尔市和锡林郭勒盟、阿拉善盟共8个盟（市），下设11个正处级从属海关，包含“呼和浩特白塔机场、赛罕、二连、包头、额济纳、东乌、乌拉特、鄂尔多斯、集宁、乌海、阿拉善”海关。
六、满洲里海关事务统辖规模为内蒙古的呼伦贝尔市、赤峰市、通辽市和兴安盟4个盟（市），下设10个正处级从属海关，包含“额布都格、满洲里机场、满洲里车站、满洲里十八里、海拉尔、额尔古纳、阿日哈沙特、阿尔山、通辽、赤峰”海关。
【注】：内蒙古有“呼和浩特海关和满洲里海关”两个直属海关。
七、大连海关事务统辖规模为辽宁省的大连、鞍山、本溪、营口、丹东、盘锦6个市，下设：
1、副厅级从属海关1个，即大窑湾海关。
2、正处级从属海关17个，包含“大连周水子机场、北良港、大连邮局、七贤岭、金普、金石滩、大连港湾、旅顺、庄河、大连长兴岛、营口、鲅鱼圈、盘锦、鞍山、大东港、丹东、本溪”海关。
八、沈阳海关事务统辖规模为辽宁省的沈阳、抚顺、辽阳、锦州、阜新、葫芦岛、铁岭、向阳8个市，下设13个正处级从属海关，包含“沈阳桃仙机场、沈阳邮局、铁西、浑南、辽中、抚顺、锦州、阜新、辽阳、铁岭、辽宁向阳、葫芦岛、沈抚新区”海关。
【注】：辽宁有“大连海关和沈阳海关”两个直属海关。
九、长春海关事务统辖规模为吉林省，下设16个正处级从属海关，包含“长春龙嘉机场、长春邮局、长春绿园、长春兴隆、吉林、通化、白山、长白、延吉、图们、珲春、松原、白城、辽源、四平、长白山”海关。
十、哈尔沿海关事务统辖规模为黑龙江省，下设：
1、副厅级从属海关1个，即冰城海关。
2、正处级从属海关19个，包含“哈尔滨和平机场、齐齐哈尔、牡丹江、绥芬河、东宁、佳木斯、抚远、同江、大庆、密山、虎林、饶河、嘉荫、鹤岗、萝北、黑河、逊克、绥化、漠河”海关。
十一、上海海关事务统辖规模为上海市，下设：
1、副厅级从属海关2个，即上海浦东国际机场海关、上海浦东海关。
2、正处级从属海关24个，包含“上海虹桥机场、洋山、徐汇、嘉定、奉贤、龙吴、上海浦江、上海车站、虹口、金山、崇明、上海外高桥保税区、上海外高桥港区、上海邮局、杨浦、松江、上海会展中心、上海科创中心、宝山、黄浦、莘庄、青浦、上海吴淞、上海钻石交易所”海关。
十二、南京海关事务统辖规模为江苏省，下设：
1、副厅级从属海关4个，即金陵海关、姑苏海关、姑苏工业园区海关、无锡海关。
2、正处级从属海关24个，包含“南京禄口机场、重生圩、江阴、连云港、南通、张家港、金港、镇江、常州、徐州、盐城、淮安、扬州、泰州、如皋、宿迁、靖江、如东、启东、太仓、常熟、昆山、吴江、宜兴”海关。
【注】：南京海关下设的副厅级从属海关是数量最多的。
十三、杭州海关事务统辖规模为浙江省（除宁波市），下设：
1、副厅级从属海关1个，即钱江海关。
2、正处级从属海关12个，包含“杭州萧山机场、温州、舟山、台州、嘉兴、绍兴、湖州、金华、衢州、丽水、义乌、嵊泗”海关。
十四、宁波海关事务统辖规模为宁波市，下设17个正处级从属海关，包含“宁波机场、宁波邮局、镇海、北仑、大榭、梅山、象山、甬江、鄞州、奉化、宁海、慈溪、余姚、海曙、宁波保税区、栎社、杭州湾新区”海关。
【注】：浙江有杭州海关和宁波海关两个直属海关。
十五、合肥海关事务统辖规模为安徽省，下设17个正处级从属海关，包含“合肥新桥机场、庐州、芜湖、安庆、马鞍山、黄山、蚌埠、铜陵、阜阳、池州、滁州、宣城、宿州、淮北、淮南、六安、亳州”海关。
十六、福州海关事务统辖规模为福建省福州、莆田、三明、南平、宁德、平潭5市1区，下设：
1、副厅级从属海关1个，即榕城海关。
2、正处级从属海关8个，包含“福州长乐机场、马尾、宁德、三明、莆田、南平、平潭、武夷山”海关。
十七、厦门海关事务统辖规模为福建省厦门、漳州、泉州、龙岩4市，下设：
1、副厅级从属海关1个，即泉州海关。
2、正处级从属海关12个，包含“厦门机场、厦门邮轮港、厦门邮局、高崎、集同、翔安、东渡、海沧、漳州、东山、古雷、龙岩”海关。
【注】：福建有“福州海关和厦门海关”两个直属海关。
十八、南昌海关事务统辖规模为江西省，下设14个正处级从属海关，包含“昌北机场、赣江新区、青山湖、九江、赣州、吉安、景德镇、新余、鹰潭、上饶、宜春、萍乡、抚州、龙南”海关。
十九、青岛海关事务统辖规模为山东省青岛、枣庄、烟台、济宁、威海、日照、临沂、菏泽8市，下设：
1、副厅级从属海关2个，即黄岛海关、烟台海关。
2、正处级从属海关17个，包含“青岛流亭机场、青岛大港、董家口港、青岛邮局、即墨、胶州、日照、威海、龙口、荣成、济宁、临沂、菏泽、枣庄、莱州、蓬莱、海阳”海关。
二十、济南海关事务统辖规模为山东省济南、泰安、淄博、潍坊、德州、滨州、聊城、东营8市，下设11个正处级从属海关，包含“济南机场、济南邮局、泉城、淄博、潍坊、泰安、东营、德州、滨州、聊城、莱芜”海关。
【注】：山东有“青岛海关和济南海关”两个直属海关。
二十一、郑州海关事务统辖规模为河南省，下设23个正处级从属海关，包含“郑州机场、郑州车站、郑州邮局、金水、郑州新区、新郑、洛阳、南阳、安阳、商丘、周口、焦作、三门峡、新乡、信阳、鹤壁、许昌、平顶山、漯河、濮阳、开封、驻马店、济源”海关。
二十二、武汉海关事务统辖规模为湖北省，下设16个正处级从属海关，包含“武汉天河机场、武汉新港、武汉邮局、汉阳、武昌、汉口、襄阳、宜昌、黄石、十堰、荆州、荆门、鄂州、随州、恩施、仙桃”海关。
二十三、长沙海关事务统辖规模为湖南省，下设16个正处级从属海关，包含“长沙黄花机场、长沙邮局、星沙、株洲、韶山、衡阳、邵阳、岳阳、常德、益阳、张家界、郴州、永州、怀化、娄底、湘西”海关。
二十四、广州海关事务统辖规模为广东省广州市9个区、佛山市、肇庆市、韶关市、清远市、云浮市、河源市及深圳市大铲岛，下设：
1、副厅级从属海关2个，即佛山海关、广州白云机场海关。
2、正处级从属海关18个，包含“广州车站、广州邮局、广州会展中心、天河、越秀、海珠、荔湾、番禺、南沙、花都、从化、肇庆、韶关、清远、大铲、云浮、罗定、河源”海关。
二十五、深圳海关事务统辖规模为广东省深圳市、惠州市，下设：
1、副厅级从属海关1个，即皇岗海关。
2、正处级从属海关30个，包含“深圳宝安机场、深圳湾、罗湖、文锦渡、沙头角、蛇口、大鹏、莲塘、大铲湾、三门岛、西九龙站、深圳邮局、梅林、福强、沙湾、南头、福中、前海、同乐、布吉、笋岗、福田、梅沙、观澜、西沥、龙岗、坪山、惠州、惠州港、惠东”海关。
二十六、拱北海关事务统辖规模为广东省珠海市、中山市，下设：
1、副厅级从属海关1个，即中山海关。
2、正处级从属海关11个，包含“高栏、湾仔、九洲、万山、闸门、港珠澳大桥、青茂、香洲、横琴、斗门、中山港”海关。
二十七、汕头海关事务统辖规模为广东省汕头、梅州、汕尾、潮州、揭阳5市，下设14个正处级从属海关，包含“潮汕机场、汕头港、广澳、澄海、龙湖、濠江、潮阳、梅州、汕尾、潮州、揭阳、饶平、海城、普宁”海关。
二十八、黄埔海关事务统辖规模为广东省广州市黄埔区、增城区和东莞市，下设13个正处级从属海关，包含“黄埔老港、黄埔新港、穗东、东江口、萝岗、增城、东莞、新沙、常平、和平、凤岗、东莞长安、沙田”海关。
二十九、江门海关事务统辖规模为广东省江门市、阳江市，下设8个正处级从属海关，包含“外海、高沙、新会、鹤山、开平、台山、恩平、阳江”海关。
三十、湛江海关事务统辖规模为广东省湛江市、茂名市，下设8个正处级从属海关，包含“湛江机场、霞山、东海岛、海东新区、徐闻、霞海、廉江、茂名”海关。
【注】：广东有7个直属海关，是全国最多的，为此海关总署还设了“广东分署”进行和谐。
三十一、南宁海关事务统辖规模为广西，下设23个正处级从属海关，包含“南宁吴圩机场、南宁邮局、邕州、北海、钦州、钦州港、防城、东兴、爱店、友谊关、凭祥、水口、龙邦、贺州、梧州、桂林、玉林、贵港、柳州、河池、峒中、平孟、硕龙”海关。
三十二、海口海关事务统辖规模为海南省，下设：
1、副厅级从属海关1个，即洋浦经济开发区海关。
2、正处级从属海关10个，包含“海口美兰机场、海口港、椰城、三亚、八所、洋浦港、博鳌机场、文昌、马村港、三沙”海关。
三十三、重庆海关事务统辖规模为重庆市，下设11个正处级从属海关，包含“重庆江北机场、重庆港、重庆邮局、两路寸滩、两江、西永、渝州、永川、涪陵、万州、黔江”海关。
三十四、成都海关事务统辖规模为四川省，下设18个正处级从属海关，包含“成都双流机场、成都邮局、青白江、锦城、天府新区、绵阳、自贡、攀枝花、泸州、德阳、广元、遂宁、内江、乐山、宜宾、南充、达州、广安”海关。
三十五、贵阳海关事务统辖规模为贵州省，下设9个正处级从属海关，包含“贵阳龙洞堡机场、筑城、贵安新区、六盘水、凯里、毕节、兴义、遵义、铜仁”海关。
三十六、昆明海关事务统辖规模为云南省，下设30个正处级从属海关，包含“昆明长水机场、昆明邮局、滇中、瑞丽、畹町、芒市、盈江、章凤、腾冲、大理、怒江、丽江、香格里拉、孟定、南伞、沧源、西双版纳、打洛、勐腊、思茅、勐康、孟连、河口、蒙自、金水河、天保、都龙、田蓬、玉溪、曲靖”海关。
三十七、拉萨海关事务统辖规模为西藏，下设9个正处级从属海关，包含“拉萨贡嘎机场、八廓、聂拉木、吉隆、普兰、亚东、日喀则、狮泉河、林芝”海关。
三十八、西安海关事务统辖规模为陕西省，下设10个正处级从属海关，包含“西安咸阳机场、西安车站、西安邮局、关中、宝鸡、榆林、延安、渭南、汉中、商洛”海关。
三十九、兰州海关事务统辖规模为甘肃省，下设7个正处级从属海关，包含“兰州中川机场、金城、敦煌机场、天水、酒泉、平凉、金昌”海关。
四十、西宁海关事务统辖规模为青海省，下设3个正处级从属海关，包含“西宁曹家堡机场、西海、格尔木”海关。
四十一、银川海关事务统辖规模为宁夏，下设4个正处级从属海关，包含“银川河东机场、兴庆、石嘴山、中卫”海关。
四十二、乌鲁木齐海关事务统辖规模为新疆，下设：
1、副厅级从属海关1个，即喀什海关。
2、正处级从属海关20个，包含“乌鲁木齐地窝堡机场、乌鲁木齐邮局、乌昌、红其拉甫、卡拉苏、伊尔克什坦、吐尔尕特、都拉塔、霍尔果斯、霍尔果斯国际边境协作中心、伊宁、阿拉山口、塔城、吉木乃、阿勒泰、哈密、石河子、库尔勒、阿克苏、和田”海关。
除了从属海关之外，海关总署在上海、青岛、黄埔各设置了1个副厅级的危险防控局，一起，每个直属海关都有1个正处级的危险防控分局。
