一般贸易与1039贸易在海关监管方面存在诸多差异，具体如下：

监管代码与定义

一般贸易：海关监管代码为“0110”，涉及境内企业与境外企业通过传统贸易方式达成交易后，按照标准海关报关程序进行货物出口申报。

1039贸易：海关监管代码为“1039”，特指在经认定的市场集聚区采购商品，单票报关单货值上限为15万美元，符合条件的经营者在采购地海关办理出口通关手续的贸易方式。

报关单填写与申报

一般贸易：需详细申报货物的具体名称、规格、型号、数量、价值等信息，单证必须齐全且准确，如商业发票、装箱单、提单、合同等，海关将对这些单证进行严格审核。

1039贸易：可实行简化申报，每票报关单对应的商品清单若品种超过5种，可实行简化申报，按大类归并申报，只需申报货值最大的前几种商品的详细信息，其余商品则以《中华人民共和国进出口税则》中“章”为单位进行归并申报。

货物查验

一般贸易：通常需要逐个进行货物报关和查验，海关会对货物的数量、规格、品质、包装等进行详细检查，以确保货物与申报信息相符，查验比例相对较高，且查验过程较为严格。

1039贸易：归类通关，出口货物按大类申报和认定查验，海关主要对申报的大类商品进行抽查，查验的针对性和比例相对较低，通关速度更快。

报关限额

一般贸易：报关限额方面限制较少，可根据实际贸易情况进行报关出口，不受单票货值的特定限制。

1039贸易：单票报关单货值最高限额为15万美元（含15万），超出此限额则不符合1039贸易方式的规定。

收结汇管理

一般贸易：收汇核销程序较为复杂，通常需要经过规范的收汇核销手续，企业需将出口货物的外汇收入按照规定的程序进行申报和核销，以证明外汇收入的真实性和合法性。

1039贸易：外汇结汇灵活，可以转私人账户，允许外商以人民币结算货款，突破了“谁出口，谁收汇”的限制。

主体备案

一般贸易：企业需向海关办理进出口货物收发货人备案等常规手续，对企业的进出口经营权等资质有一定要求，通常适用于具备进出口经营权的企业。

1039贸易：经营者需向市场集聚区所在地商务主管部门办理市场采购贸易经营者备案登记，并按照海关相关规定在海关办理进出口货物收发货人备案。