当出口代理公司采用1039市场采购贸易方式协助企业办理出口时，其操作流程和税务处理具有特定的复杂性。以下是详细的操作步骤和相关税务问题说明：

一、1039市场采购贸易方式特点

海关监管代码1039代表“市场采购贸易方式”，它允许经营者在国家批准的市场内采购小商品，并通过拼箱、组货等方式进行出口。

主要特点包括：

征增值税：市场采购出口的商品可享受增值税免征政策，有效减轻税负。

简化核销流程：与传统出口方式相比，1039模式简化了外汇核销流程，并允许多家企业共同参与收汇。

结算方式灵活：支持人民币结算，并可通过代理商或第三方进行结汇。

低门槛进入：中小商户和个体工商户也能利用此模式参与外贸，推动了出口的便利化。

二、税务问题

1039市场采购贸易方式在税务处理上具有特殊规定，企业可享受增值税免税政策，但需注意以下几点：

1. 增值税问题：

免征增值税：在1039市场采购贸易方式下，出口商品可免征增值税。这意味着代理公司或出口企业无需缴纳增值税。

2. 出口退税政策：

无退税：1039市场采购贸易与常规贸易不同，不适用出口退税政策。由于市场采购贸易模式下商品已享受免税政策，因此不再适用增值税退税。

采用1039方式出口时，代理公司和企业均不得申请出口退税。

3. 所得税问题：

出口代理公司在为企业代理出口过程中，收取的代理服务费或佣金属于公司正常经营收入，需根据实际经营状况缴纳企业所得税。

企业通过市场采购方式出口商品产生的利润，应按照国家规定缴纳企业所得税，但不涉及增值税部分。

4. 外汇税务合规：

出口代理公司需确保外汇结算的合规性，确保所有外汇收款通过正规渠道进行。所有涉及外汇的交易必须遵守中国外汇管理条例，并在税务部门进行备案。

三、注意事项

1. 出口代理备案：

出口代理公司必须在地方商务部门备案为外贸综合服务企业或市场采购贸易平台的代理公司，以确保有资格使用1039方式进行代理出口。

2. 规范操作流程：

出口代理公司应与企业签订详尽的代理协议，明确代理费用、报关责任以及税务和收汇处理等事宜，确保代理服务的合规性。

3. 税务申报与合规性：

尽管1039方式出口享有免税政策，代理公司仍需确保所有交易通过正规途径进行，并定期向税务部门报备出口情况，特别是涉及的企业所得税和外汇收款部分。

通过市场采购贸易的1039方式，出口代理公司能够为中小企业或个体工商户提供更为便捷的出口服务，但同时必须确保操作的合规性，特别是在税务和外汇方面。